عند مواقعته للحسن بن زيد العلوى بجرجان بلاء حسنا، فقدّمه يعقوب فدخل عليه يوما بنيسابور وكان اليوم شديد البرد، فخلع عليه يعقوب وبرسمّور كان على كتفه، فحسده أحمد الخجستانى وجاء إليه وقال: إن يعقوب يريد الغدر بك، لأنه لا يخلع على أحد من خاص ملبوسه إلا غدر به فقال إبراهيم: فكيف الخلاص؟
فقال: الحيلة أن نهرب جميعا إلى أخيك يعمر، وكان يحاصر بلخ ومعه خمسة آلاف رجل، فاتّفقا على ذلك وتواعدا للخروج في تلك الليلة، فسبقه إبراهيم إلى الموعد وانتظره ساعة فلم يره، فسار نحو سرخس وذهب الخجستانى إلى يعقوب فأعلمه، فأرسل في أثر إبراهيم فأدركوه بسرخس فقتلوه، ومال يعقوب إلى أحمد، فلما أراد يعقوب العود إلى سجستان استخلف على نيسابور عزيز بن السرىّ وولّى أخاه عمرو بن الليث هراة، فاستخلف عمرو وعليها طاهر بن حفص الباذغيسى، وسار يعقوب إلى سجستان في سنة إحدى وستين ومائتين، وأحبّ الخجستانى التخلّف لما كان يحدّث به نفسه، فقال لعلى بن الليث: إن أخويك قد اقتسما خراسان، وليس لك بها ما يقوم بشغلك، وأحبّ أن تردّنى إليها لأقوم بأمورك، فاستأذن أخاه يعقوب فى ذلك فأذن له، فلمّا حضر أحمد لوداع يعقوب أحسن إليه وخلع عليه، فلما ولّى عنه قال: أشهد أن قفاه قفا غادر مستعص، وهذا آخر عهدنا بطاعته، فلما فارقهم جمع نحو مائة رجل فورد بهم بست نيسابور، فحارب عاملها وأخرجه عنها وجباها ثم خرج إلى قومس.
فغلب على بسطام وقتل بها مقتلة عظيمة وذلك في سنة إحدى وستين وسار إلى نيسابور وبها عزيز بن السرى فهرب منها، وأخذ أحمد