ففعل به من فى قلعتها كما فعل صاحب الموصل، فتفلت منهم أيضا، ووصل إلى بغداد، فانتقل إلى بعض سفنها، وتنكر، ووصل إلى بيته بباب الأزج. ثم شاع خبره، فطلبه الخليفة إلى داره. ولم يزل فى هذه المدة يدرس القرآن، ويدارس الفقه ويتحفظ ما كان نسيه من أنواع العلوم. ثم ولاه الخليفة سنة خمس وثمانين أمر المخزن والديوان، ثم جعله أستاذ الدار سنة سبع وثمانين.
وفى ولايته هذه عقد المجلس لقاضى القضاة العباسى، وأحضر القضاة والعلماء، أفتوا وأثبتوا فسقه لقضية كان قد حكم فيها، وعزله، وبقى على ولايته إلى رجب سنة تسعين، فعزل وقبض عليه. وذلك فى ولاية ابن القصاب الوزارة.
وكان ابن القصاب رافضيا خبيثا. وكان الناصر يميل إلى الشيعة، فسعى فى القبض على ابن يونس، ونفى الشيخ أبا الفرج إلى واسط، وبقى ابن يونس معتقلا إلى سنة ثلاث وتسعين، فأخرج فى سابع عشر صفر ميتا. ودفن بالسرداب ﵀ وسامحه.
وقد ذكر ابن النجار: أنه لم يكن فى ولايته محمودا. وقد علمت أن الناس لا يجتمعون على حمد شخص ولا ذمه.
وأما أبو شامة فبالغ فى ذمه والحط عليه بأمور لم يقم عليها حجة. وإنما قال:
ويقال: إنه فعل كذا. ومثل هذا القدح لا يكفى فى مستنده. ويقال كذا.
وكذلك ابن القادسى فى تاريخه يذمه كثيرا. وقد ذكر: أنه إذا آباه فصار ذا غرض معه.
وأما ابن الدبيثى فقال: كان فيه فضل، وحسن سمت ووقار. وذكر: أنه لما عزل فى المرة الأخيرة أقام بمنزله.
وذكر ابن القادسى: أنه لما قبض عليه استفتى عليه أنه كان تسبب إلى كسر عسكر الخليفة، وقتلهم ونهبهم، وأظهر موت الخليفة وهو حى. فكتب ابن فضلان كلاما مضمونه: إباحة دم من فعل هذا. وكتب ابن الجوزى: أنه يلزمه غرامة