ولم تقتصر جهود فضيلة الشيخ محمد منظور النعماني على مقاومة المبتدعين الخرافيين، بل إنه قام بدور ملموس في مواجهة القاديانية إيضاً، وألف عديداً من الكتب والرسائل تفنيد مزاعم غلام أحمد وأنصاره، وكان لتلك المكتب تأثير بالغ، وخاصة في الطبقة المثقفة لأنها تخاطب الضمير وتقنع العقل بالدلائل الناصعة.
ومن بن الحركات التي كانت تستهدف العقيدة الإسلامية الصافية حركة "خاكسار" المعروفة، تمتاز هذه الحركة بكثرة أنصارها ومؤيديها وشدة نفوذها ونجاحها في إغواء المسلمين، وقد صمد الشيخ محمد منظور النعماني في وجه هذه الحركة الخطرة، وألف كتاباً يعتبر أحسن كتاب حول هذا الموضوع، ويمتاز بغزارة مادته وقوة إقناعة.
بعد هذه التجارب العظيمة والجهود المخلصة في حقل الدعوة الاسلامية غير فضيلة اتجاهه حينما أحس يحاجة ماسة إلى العمل الإيجابي الجاد ونظر إلى الزحف الفكري الأوربي فعكف على التأليف والتصنيف لشرح المبادئ الإسلامية بلغة سهلة بسيطة وأسلوب جميل تمده روعة أدبية وتأثير عجيب في النفوس، وهو لا يزال يركز العمل، ويخلص السعي لترسيخ الإيمان، وتوطيد صلة المسلمين بدينهم وتدعيم ثقتهم بعقيدتهم.