أصدر المركز الكتب التالية:
١- مجتمع الحجاز في العهد الأموي بين الآثار الأدبية والمصادر التاريخية. د. عبد الله بن سالم الخلف.
الكتاب مناقشة منهجية لروايات الأصفهاني وبعض المستشرقين وطه حسين وشوقي ضيف حول مجتمع الحجاز.
٢- أخبار المدينة لابن زبالة لمحمد بن الحسن بن زبالة ت ١٩٩هـ. جمع وتوثيق ودراسة: صلاح عبد العزيز زين سلامة.
أقدم كتاب في تاريخ المدينة المنورة أصله مفقود، قام الباحث بجمع نصوصه من المصادر التي نقلت عنه.
٣- المدينة المنورة في مائة مخطوط.
فهرس تحليلي لمائة مخطوط عن المدينة المنورة يعرض محتويات كل مخطوط وفهارس لخدمة الباحثين.
٤- مخطوطات مكتبة بشير آغا بالمدينة المنورة، إعداد فريق من باحثي المركز.
فهرس وصفي لمخطوطات مكتبة بشير آغا التي بلغ عددها ١٨٣٢ مخطوطاً.
٥- المغانم المطابة في معالم طابة، تأليف مجد الدين محمد بن يعقوب الفيروزابادي ت ٨١٧?.
تحقيق: فريق من الباحثين.
أوسع المصادر التاريخية عن المدينة المنورة يتحدث عن فضائل المدينة ومعالمها وتاريخها وأعلامها والمسجد النبوي.
٦- أثر الوقف الإسلامي في الحياة العلمية بالمدينة المنورة، إعداد: سحر بنت