بالفعل, ومن ناحيةٍ أخرى, فإن هذه الطريقة تسمح للباحثين بتحليل الاستقرار أو الاختلاف الذي يحدث داخل الفرد بمرور الزمن "willerman, ١٩٧٩". أضف إلى ذلك أن هذه الطريقة تستغرق وقتًا طويلًا في دراسة كل الفروق بين أفراد العينة حتى يكتمل البحث, ومعنى ذلك أنها أقلّ جاذبية من الطريقة المستعرضة في ضوء معيار الزمن, ومع ذلك فإننا بها وحدها نستطيع أن نحدد أيّ الشروط أو الخبرات السابقة تؤثر في نمو السلوك موضع البحث.
ومع هذه المزايا الظاهرة للطريقة الطولية, إلّا أنَّ لها مشكلاتها أيضًا تلخصها أنستازي "Anstasi, ١٩٥٨" فيما يلي:
١- العوامل الانتقائية في العينة الأصلية؛ فالأفراد الذين يشاركون في بحثٍ من طبيعته أن يستمر لعدة سنوات يتم انتقاؤهم في الأغلب تبعًا لعوامل تحكمية وليست عشوائية, ومن هذه العوامل استقرار محل الإقامة، والتعاون المستمر مع الباحث, وبالطبع فإن المفحوصين الذين يتم انتقاؤهم بهذه الطريقة قد تتوافر فيهم خصائص أخرى بالمستوى الثقافي والميول والاتجاهات, بل والظروف الطبيعية والصحية تختلف عن الأصل السكاني العام على نحوٍ يجعلها منذ البداية عينة متحيزة وليست عشوائية، فقد تكون العينة أعلى نسبيًّا من المستوى العام للأصل الإحصائي السكاني.
وقد يكون العكس صحيحًا أيضًا في بعض عينات هذه البحوث, ومن ذلك الأفراد الذين يقيمون في المؤسسات "كالأطفال والمراهقين الذين يعيشون في الملاجئ, والشيوخ الذين يقيمون في بيوت المسنين". فأطفال ومراهقو الملاجئ والإصلاحيات يمثلون مستوى أدنى من الأصل الإحصائي العام, بينما شيوخ دور المسنين قد يكونون من مستويات اقتصادية واجتماعية عالية نسبيًّا إذا كانت هذه البيوت بمصروفات تديرها جمعيات خاصة، وقد يكونون من مستويات دنيا إذا كانت هذه البيوت من النوع المجاني الذي تديره هيئات حكومية للإيواء العام، وفي الحالتين يصعب تعميم نتائج مثل هذه البحوث الطولية على المجتمع الأصلي, ومع ذلك, فإن لهذه البحوث فائدتها إذا تَمَّ توصيف الأصل المشتقة منه العينات توصيفًا دقيقًا، أو تَمَّ توصيف العينة موضوع البحث توصيفًا مفصّلًا؛ بحيث يمكن تعميم النتائج التي تتوصل إليه البحوث على أيِّ أصلٍ إحصائيٍّ مشابه لها.
٢- النقصان التتابعي للعينة: فلا شك في أن البحث الطولي يستغرق فترةً طويلةً نسبيًّا من الزمن، ولهذا نتوقع أن يتناقص عدد المفحوصين تدريجيًّا, ولذلك فإن المتابعات المتأخرة لنفس العينة نجدها تتمّ على أعداد قليلة إلى حَدٍّ كبير