- فى جيوش أهل الشام، ومعه «١» معاوية بن حديج وأصحابه «٢» فى صفر سنة ٣٨ هـ. فاقتتلوا، فانهزم محمد بن أبى بكر مع المصريين، ودخل فاختبأ فى بيت مجنونة، فلما أقبل معاوية بن حديج فى عسكره مرّ بالمجنونة صاحبة المنزل وهى قاعدة على الطريق، وكان لها أخ فى الجيش، فقالت: تريدون قتل أخى؟
قالوا: ما نقتله. قالت: فهذا محمد بن أبى بكر فى داخل بيتى! فدخلوا عليه فربطوه بالحبال وجرّوه على الأرض، فلما جىء به بين يدى معاوية بن حديج، قال له: احفظنى لأبى بكر. فقال له: قتلت من قومى ثمانين رجلا فى عثمان وأتركك وأنت صاحبه!
فقتله لأربع بقين من صفر، وقيل: لأربع عشرة ليلة خلت من صفر المذكور سنة ٣٨ هـ. وكان مولده عام حجة الوداع، ولدته أمّه بالشجرة عند ذى الحليفة حيث «٣» أحرم رسول الله، ﷺ، متوجّها إلى مكة.
ولمّا قتل أمر به معاوية أن يجرّ فى الطريق ويمرّ به على باب دار عمرو ابن العاص، لما يعلم من كراهته لذلك «٤» ، وأمر به فأحرق بالنار «٥» فى جيفة حمار، ودفن فى الموضع الذي قتل فيه. فلما كان بعد سنة جاء «زمام» غلامه فحفر عليه، فلم يجد سوى رأسه، فدفنه فى هذا المسجد. ويقال: إن الرأس فى القبلة.
وكانت ولاية محمد على مصر خمسة أشهر. وكانت عائشة أمّ المؤمنين- رضى الله عنها- قد أنفذت أخاها عبد الرحمن إلى عمرو بن العاص، رضى الله عنه، فى شأن محمد، فاعتذر بأنّ الأمر لمعاوية بن حديج.