هذا هو الترتيب الخارجي؛ ثم يُرتب كل باب ترتيباً داخلياً بتقسيمه ثمانية وعشرين فصلاً؛ باعتبار الحرف الأول للكلمة، أما حشوها فللترتيب داخل كل فصل.
والتزم في ترتيب الحروف الترتيب الألف بائي المعروف، ولم يؤثر أن معجماً من معاجم هذه المدرسة التزمَ الترتيب الصوتي، ولو تم ذلك - مع التزام القافية - لما أخرجَ صاحبَه من مدرسة القافية، إلاَّ أن يكون فرعاً على المدرسة؛ كـ (الجمهرة) في مدرسة التقليبات.
ويمكن إيجاز نظام مدرسة القافية في الترتيب في كلماتٍ؛ فيقال: إنّ الحرفَ الأخير للباب، والأولَ للفصل، والحشوَ للترتيب داخل الفصل. ويعد هذه النظام من أدق أنظمة المعاجم؛ فليس للأصل الواحد فيه سوى موضع واحد، إلاَّ ما يقع للإحالة ونحوها؛ بسبب تعدد اللغات؛ كالإبدال والهمز والتسهيل.