على مائة وأربعين، والمراجع المتوفرة في أيدينا لا تعطي آية فكرة عن مؤلفاته، بل تبخل علينا حتى بأسمائها. ولا نعلم في الوقت الحاضر إلا كتاب "التوحيد" الذي طبع من قبل، وهذا الجزء المتبقي من صحيحه.
وكتاب آخر له باسم: "شأن الدعاء وتفسير الأدعية المأثورة عن رسول الله ﷺ" وهو من محفوظات الظاهرية. ومن عادة ابن خزيمة أنه يحيل كثيرًا إلى مؤلفاته ويذكرها في ثنايا كتبه، كما هو واضح لكل دارس لكتابيه "التوحيد" و"صحيحه". وبدراسة هذين الكتابين دراسة إجمالية، أُقدم الآن قائمة لبعض كتبه التي ورد ذكرها في هذين الكتابين:
١ - كتابة الأشربة (١).
٢ - كتاب الإمامة (٢).
٣ - كتاب الأهوال (٣).
٤ - كتاب الإيمان (٤).
٥ - كتاب الأيمان والنذور (٥).
٦ - كتاب البر والصلاة (٦).
٧ - كتاب البيوع (٧).
٨ - كتاب التفسير (٨).
٩ - كتاب التوبة (٩).
١٠ - كتاب التوكل (١٠).