الباب الأول: نشأة الانحرافات المرتبطة بحركة العلم الحديث وظهورها في العالم الإِسلامي، وفيه خمسة فصول:
الفصل الأول: تعريف موجز بالثورة العلمية الحديثة وما ارتبط بها من نظريات مخالفة للدين، وأثرها في الفكر.
الفصل الثاني: أسباب وجود الانحراف المصاحب للتطور العلمي الحديث.
الفصل الثالث: تاريخ تكوُّن الانحرافات المصاحبة لحركة العلم الحديث في العالم الإِسلامي، وتأثيرها في الفكر التغريبي العربي المعاصر.
الفصل الرابع: أسباب دخول الانحرافات المصاحبة لحركة العلم الحديث إلى البلاد الإِسلامية.
الفصل الخامس: أبرز المواقف العلمية والفكرية في العالم الإِسلامي من العلوم الحديثة ومناهجها، وفيه تمهيد وثلاثة مباحث:
المبحث الأول: موقف الاتجاه السلفي الداعي للتأصيل الإِسلامي للعلوم الحديثة.
المبحث الثاني: موقف الاتجاه العصراني الداعي لتأويل ما توهم تعارضه من النصوص الشرعية مع العلم الحديث.
المبحث الثالث: موقف الاتجاه التغريبي الداعي لتقديم العلم وعدم ربطه بالدين.
الباب الثاني: التأثر المنهجي في الفكر التغريبي بالانحراف المصاحب للعلم الحديث، وفيه ثلاثة فصول:
الفصل الأول: التأثر المنهجي في مصدر التلقي وطرق الاستدلال، وفيه مبحثان:
المبحث الأول: التأثر المنهجي في مصدر التلقي.
المبحث الثاني: التأثر المنهجي في منهج الاستدلال.
الفصل الثاني: التأثر المنهجي في طريقة التعامل مع القضايا الغيبية الاعتقادية وفيه مبحثان:
المبحث الأول: التأثر المنهجي في طريقة النظر للغيبيات.