الكتب المؤلفة في تفسير القرآن: ذكر ١٤ كتابا.
الكتب المؤلفة في معاني القرآن ومشكله ومجازه: ذكر ٢٥ كتابا.
الكتب المؤلفة في غريب القرآن: ذكر ١٤ كتابا.
الكتب المؤلفة في القراءات: ذكر ٢٢ كتابا.
الكتب المؤلفة في الوقف والابتداء في القرآن: ذكر ١٢ كتابا.
الكتب المؤلفة في متشابه القرآن: ذكر ١٠ كتب.
الكتب المؤلفة في فضائل القرآن: ذكر ١٢ كتابا.
الكتب المؤلفة في عدد آي القرآن: ذكر ١٩ كتابا.
الكتب المؤلفة في ناسخ القرآن ومنسوخه: ذكر ١٨ كتابا.
الكتب المؤلفة في أحكام القرآن: ذكر ١١ كتابا.
وتتميز هذه المرحلة بأن لكل علم من علوم القرآن كتبا خاصة به، فالكتاب الواحد لا يتناول إلا مباحث علم واحد، فلم تكن المؤلفات الجامعة قد ظهرت بعد.
المرحلة الثالثة: مرحلة المؤلفات الجامعة
خصص ابن النديم الفن الثالث من المقالة الأولى من كتابه الفهرست، لعلوم القرآن، وقال في مطلعه: «الفن الثالث: في نعت الكتاب الذي لا يأتيه الباطل من بين يديه ولا من خلفه تنزيل من حكيم حميد، وأسماء الكتب المصنفة في علومه، وأخبار القراء وأسماء رواتهم» (١). وما فعله ابن النديم هنا يمثل بداية اتجاه جديد للتأليف في علوم القرآن يتمثل بجمع خلاصة لعلوم القرآن كافة في مكان واحد، بعد أن كانت كتب علوم القرآن يختص كل كتاب منها بمباحث علم واحد. وأشهر الكتب التي اتبعت هذا المنهج: