دراسة الفقه الإسلامي دراسة حرة خالية من التعصب الذهبى.
دراسة الأديان لمقابلة ما فيها من عقائد وعبادات وأحكام مما هو موجود في الإسلام.
دراسة أصول المذاهب في العالم قديما وحديثا.
دراسة اللغة العربية دراسة جيدة كما درسها الأسلاف.
وهاجم الشيخ المراغى الكتب القديمة وقال أنها كتب معقدة لها طريقة خاصة في التأليف لا يفهمها كل من يعرف اللغة العربية وأنما يفهمها من مارسها ومرن على فهمها وعرف اصطلاح مواقعها ودعا إلى الاستغناء عنها بأحسن منها.
وقد تحقق وفق هذا المنهج (جمادى الآخرة ١٣٤٣) تحول الأزهر إلى جامعة كبرى لتخريج أساتذة علوم اللغة العربية والدين والقضاة الشرعيين وأن تكون شهادة التخصص فيه مساوية لشهادات المدارس العليا وارسال بعثات من متخرجيه إلى الجامعات الأوربية لدراسة العلوم، وأدخل في القسم الثانوى العلوم المدنية التي يشمل عليها منهج المدرسة التجهيزية الملحقة بدار العلوم ومنهج القسم الأدبى للمدارس الثانوية الأميرية. وحددت مدة التخصص ثلاث سنوات بعد الحصول على الشهادة العالمية كما أدخلت اللغات الأجنبية إلى الأزهر (١٩٣٥) وهى الانجليزية والفرنسية والفارسية واليابانية والصينية في كلية أصول الدين لمختلف السنين.
وسافرت أول بعثة أزهرية إلى ألمانيا عام ١٩٣١ باسم بعثة محمد عبده. كما سافرت بعثة أخرى إلى باريس (أغسطس ١٩٣٦) وتواصلت بعد ذلك البعثات.
وقد يحقق لأفراد البعثات الحصول على أجازات الدكتوراه وكان أولها عن الأخلاق عند ابن مسكوبه (محمد يوسف موسى) وعن سيبنوزا (محمود حب الله) وعن الشريعة الإسلامية من السربون (عبد الرحمن تاج).
كما تحقق في عام ١٩٣٦ أبدال الجراية الأزهرية بمرتبات شهرية وقد كان بحث استبدالها قد بدأ عام ١٩١٠ بعد أن ترددت الشكوى من ردائة الخبز الأزهرى وقد أشارت المذكرة الخاصة بالغائها أن هذه المادة وأن كانت تقليدا من تقاليد الأزهر الا أنها أصبحت تجافى التطور العلمى.
كما تحقق اشتراك الأزهر في عديد من المؤامرات الدولية:
مؤتمر جامعة غرناطة (ديسمبر ١٩٣٢).
مؤتمر القوانين الدولى - لاهاى (أغسطس عام ١٩٣٧).