عدد أمنائها سبعة به. وقد وضع بمعاونة ابن أخته مرهج ابن نمرون: أول فهرس لمخطوطاتها الشرقية (١٦٦٠) وأوفد البابا إكليمنضس الحادي عشر (١٧٠٠ - ١٧٢١) الأب إلياس السمعاني، رئيس كهنة أنطاكية إلى دير وادى النطرون بمصر، فعاد منه بستة وثلاثين مخطوطاً. ثم كلف ابن أخيه يوسف السمعاني بتلخيصها وفهرستها، مع ترتيب المخطوطات الشرقية في المكتبة جميعة. وقصد يوسف السمعاني الشرق الأدنى (١٧١٥ - ١٧) ووجد في دير وادى النطرون مجموعة مخطوطات فاشترى بعضها ونسخ الآخر. ثم طوف بعواصم الشرق الأدنى ورجع منها بمجموعة نفيسة من المخطوطات اليونانية والسريانية والعربية. ومثل البابا في المجمع اللبناني (١٧٣٦) ورجع بنحو ألفي قطعة من النقود والأيقونات. وكان أندره إسكندر، المترجم في مجمع نشر الإيمان، قد جمع (١٧١٩) واحداً وستين مخطوطاً نزلت البروبغندة عن أربعة وثلاثين منها للمكتبة الفاتيكانية. فوضع يوسف السمعاني بمعاونة ابن شقيقته اسطفان عواد السمعاني فهرس المكتبة الشرقية Biblioteca Orientalis Clementino Vaticana تضمن وصفة شاملاً لمخطوطاتها السريانية والعربية والفارسية والمركية والعبرية والسامرية والأرمنية والحبشية واليونانية المصرية والقبطية والملابارية والأندلسية، وتراجم أمينة لمؤلفيها، في أربعة مجلدات: الأول في ٦٤٨ صفحة (رومة ١٧١٩) والثاني في ٤٧٢ صفحة (رومة ١٧٢١) والثالث قسم أول في ٧٠٩ صفحات (رومة ١٧٢٥) وقسم ثان. (رومة ١٧٢٨) وأعدا الرابع لإصداره عام ١٧٣٦.
وخلف يوسف السمعاني ابن شقيقته اسطفان عواد السمعاني فزاد في مخطوطاتها على أثر رحلة قام بها إلى الشرق، وحقق فهرسها، في ثلاثة مجلدات، في ١٧٤٣ صفحة، بوصف كل مخطوط وتحديد موضوعاته وترجمة مؤلفه (رومة ١٧٥٦ - ٥٩).
وجددت المكتبة الشرقية والأمريكية في باريس Maisonneuve طبع ٣٠٠ نسخة مرقمة من هذا الفهرس بتصويرها مجلداته الثلاث تصويرة شمسيئاً دون إضافة إليه (باريس ١٩٢٦).
ووضع دي هامر ذيلا لمئتي مخطوط اقتنتها المكتبة بعد السمعاني بعنوان: رسالة في المخطوطات الشرقية في المكتبة الفاتيكانية (فهارس المكتبات الإيطالية، المجلد