تسعون بالمائة تقريبا من المساحة الإجمالية للقطر كله، والبالغة (٢،١٩٥،١٠٠) كيلومتر مربع. والتركيب الجغرافي للصحراء أبسط من تركيب المنطقة التلية. إذ لا تظهر فيها الجبال المتقطعة، ولا المرتفعات المعقدة، ولا السهول الضيقة المحصورة، ولا الالتواءات الحديثة. ولكن الصحراء تضم بالمقابل السهول التحاتية الواسعة والأحواض المغلفة، والجبال بحافاتها الشديدة الانحدار، والعروق الرملية المتنقلة، ويمكن تفسيم الصحراء إلى أربع مناطق متباينة:
أولا: منخفض في الركن الشمالي الشرقي، تظهر به بعض الشطوط. مثل شط ملغيغ، الذي يقع دون مستوى سطح البحر بحوالي واحد وثلاثين مترا. فهو أخفض مكان بالجزائر كلها.
ثانيا: منطعة هضابية صخرية على الأطراف الشمالية وفي الوسط، مثل هضبة تادمايت، إلى الشمال من عين صالح.
ثالثا: سهول تحاتية تغطيها الرمال. وهي التي تحتل أكبر مساحة في الصحراء.
رابعا: كتل جبلية مرتفعة في الركن الجنوبي الشرقي، وهي جبال الهوقار التي تبلغ أعلى قمة جبلية بها (٢٩١٨م) وهي قمة تاهت بمرتفعات أتاكور إلى الشمال من مدينة (تامنراست). وأغلب جبال الهوقار ناتجة عن اضطرابات بركانية ما زالت فوهاتها بارزة للعيان. والجبال هنا لا تأخد أشكال السلاسل الممتدة، ولكن الأشكال المخروطية. ولقد أصابت حركة التوائية قديمة جدا إقليم الصحراء، وأدت هذه إلى التواء سلاسل جبلية من