وبعد دراسة الهياكل التنظيمية للثورة وملاءمتها مع الظروف الجديدة ضبط المجلس الوطني للثورة الجزائرية، التنظيمات، وأعطى الصفة القانونية للمؤسسات الأولى للدولة الجزائرية، وفي هذا الإطار، قام بإعادة تشكيل وتركيز الجهاز الحكومي، وأوصى بإنشاء لجنة وزارية مشتركة للدفاع الوطني ضمن الحكومة تلحق بها مباشرة قيادة الأركان. ومن جهة أخرى، أكد المجلس الوطني للثورة الجزائرية الأخذ بعين الاعتبار وعن طريق الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية في ٢٨ أيلول - سبتمبر - ١٩٥٩ اللجوء إلى تقرير المصير، معتبرا أن هذا اللجوء بالنسبة للشعب الجزائري، هو إحدى وسائل استرجاع استقلاله.
وبعد اتخاذ هذا الموقف، كان بالمستطاع أن يتحقق السلام فورا، خصوصا عندما أخدت الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية المبادرة العملية التي تمثلت في تعيينها يوم (٢٠) تشرين الثاني - نوفمبر - ١٩٥٩ خمسة من قادتها للشروع في محادثات مع الحكومة الفرنسية.
إن المجلس الوطني للثورة الجزائرية الذي يؤيد هذه المبادرة، يأسف لكون الحكومة الفرنسية قد اختارت - للتملص من المفاوضات - إثارة حادثة اعتقال القادة المعينين، متجاهلة بأن هذا الاعتقال هو نتيجة لعملية قرصنة. وردا على هذا الاقتراح البناء، رفضت الحكومة الفرنسية على ذلك - وتحت ذريعة واهية - الإفادة من فرصة السلام، وفضلت مواصلة الحرب من أجل (تجديد الاحتلال الاستعماري) وذلك هو ما تبرزه كثيرا تصريحات الوزير الأول والقادة العسكريون الفرنسيون.