كليات للعلوم والطب وطب الأسنان والصيدلة فى أسيوط، وتتهيأ لافتتاحها بإعداد هيئة التدريس والأبنية حسب الخطة العلمية للإنشاء.
ومجموع هذه الكليات تسع وثلاثون كلية.
وفى كليات الشريعة يكون التخصص فى الفقه المذهبى، والفقه المقارن، والسياسة الشرعية، وأصول الفقه.
وفى كليات أصول الدين والدعوة يكون التخصص فى العلوم القرآنية، وعلوم السنة، والدعوة الإسلامية، والعقيدة.
وفى كليات اللغة العربية يكون التخصص فى اللغويات العربية، وأصول اللغة، والأدب، والنقد الأدبى، والبلاغة، والتاريخ، والحضارة الإسلامية، والصحافة والإعلام.
وفى كلية الدراسات الإسلامية والعربية للبنين يكون التخصص فى علوم الفقه، وعلوم الأصول، وعلوم اللغة العربية. وهذه الكلية مقرها مسجد الجامع الأزهر، وتعد استمراراً لحلقات الدراسة التى عرفها الأزهر منذ إنشائه.
وكلية البنات باسيوط، وكليات الدراسات الإسلامية والعربية للبنات، فى كل منها شعبة للدراسات الإسلامية (بفروعها)، وأُخرى للدراسات العربية (بفروعها). وينتظر أن تنمو كلية البنات بأسيوط لتشتمل على فروع أخرى، كالطب والتجارة والعلوم الأساسية واللغات وغيرها.
والتخصص فى كليات التجارة فى المحاسبة، وإدارة الأَعمال، والإحصاء.
وفى كليات العلوم، فى الفيزياء، والكيمياء، والأحياء، والجيولوجيا، والنبات، وعلم الحيوان، والرياضيات .. إلخ.
وفى كلية الزراعة أقسام للعلوم الزراعية المرتبطة بالأرض والمحاصيل والبساتين والإنتاج الزراعى.
وفى كلية الهندسة أقسام للهندسة المدنية والعمارة والميكانيكية والكهربية والألكترونية .. إلخ.
وفى كلية اللغات والترجمة أقسام للغات غير العربية، مثل الإنجليزية,