طوال القرن السادس الهجرى (الثالث عشر الميلادى)، ثم ما لبثت دولتهم أن تفككت فاستطاع واحد من نسل محمود ابن محمد بن أخى سنجر أن يؤسس إمارة مستقلة فى العراق، وبقى هذا الفرع هنا حتى مجئ الخوارزميين سنة ٥٩٠ هـ، غير أن الخلفاء العباسيين قاوموا نفوذ أمراء العراق السلاجقة وحاولوا التخلص من نفوذهم مما ترتب عليه قيام صراع على السلطة كان أخطره ما حدث زمن سلطان مسعود حتى لقد أعدموا الخليفة المسترشد عام ٥٢٩ هـ والخليفة الراشد سنة ٥٣٠ هـ، وقام السلطان السلجوقى فولّى المكتفى، ومع ذلك فقد ظلت قوة السلاطين فى التدهور مما حمل الخليفة الناصر (٥٧٥ - ٦٢٢ هـ) إلى استحداث ما عرف بنظام الفتوة الذى كان فى نظره أحسن وسيلة لإعادة ما كانت تتمتع به الدولة العباسية فى القديم من وحدة سياسية ومعنوية، لكن لم يقدر لهذه الخطوة النجاح المرجو فلم يَعُد الخلفاء العباسيون يسيطرون على العراق حين غزاه المغول سنة ٦٥٦ هـ.
العراق من ١٢٥٨ م حتى ١٥٣٤ م
لا يمتاز العصر الممتد من الغزو المغولى حتى الفتح العثمانى إلا بتغير سريع فى تعاقب الأسرات الحاكمة بدءا من زوال الخلافة مما أسفر عن تدهور سياسى استمر إلى ما بعد القرن السادس عشر. وشهدت هذه الحقبة تفاقم الانحطاط الاقتصادى الذى بلغ ذروته فى القرن الخامس عشر وإن لم يكن من اليسير فهم هذا التدهور. ولم تتوفر دراسة جادة لفترة ثلاثة قرون تشمل عصر المغول (الخانات والجلائريين والتيموريين) ثم عصر الحكام التركمان (وهم القراقوليون والصفويون) ولا توجد مؤلفات مفصلة عن الجغرافية التاريخية والنظام الإدارى والبنيات الاجتماعية والاقتصادية، لقد جمع عباس العزاوى نتفا من أهم المصادر فى كتابه "تاريخ العراق بين احتلالين" (من الجزء الأول