لمدة قرنين أو على الأقل تشيعت بشكل ظاهرى، وحذف جوهر اسم الخليفة العباسى من خطبة الجمعة وأدخل بالتدريج صيغا جديدة تنطوى على عقائد شيعية. وركز جهوده منذ البداية فى اتخاذ إجراءات للتخلص من المجاعة واستعادة النظام وتصرف مع أهل البلاد بكرم وسخاء وأنشا مدينة جديدة هى القاهرة لإسكان عسكره ووضع حجر الأساس للجامع الأزهر فى ٢٤ جمادى الأولى سنة ٣٥٩ هـ/ ٤ إبريل ٩٧٠ م.
الفاطميون فى مصر:
بعد أن استقر الفاطميون فى مصر عملوا على مذ سلطانهم للمناطق التى كانت تابعة للدولة الإخشيدية فتم إلحاق مكة والمدينة بالفعل سنة ٣٥٩ هـ/ ٩٧٠ م.
وكان الأمر بالنسبة لضم الشام أكثر صعوبة إذ إن الحاكم الإخشيدى كان قد عقد حلفًا مع قرامطة البحرين الذين كانوا يلقون بدورهم دعما من البويهيين فى بغداد إلا أن جعفر الفالح مساعد القائد جوهر كان قادرا على محاصرة دمشق غير أنه قتل فى معركة ضد القائد القرمطى الحسن الأعصم فى آخر سنة ٣٦٠ هـ/ أغسطس ٩٧١ م واتجه القرامطة إلى مصر إلّا أن جوهر ألجأهم إلى الفرار فى آخر سنة ٣٦١ هـ/ ديسمبر ٩٧١ م واستولى جوهر على جانب من فلسطين وعاد القرامطة بقيادة الحسن الأعصم ليهاجموا القاهرة سنة ٣٦٣ هـ (بداية سنة ٩٧٤ م) وكان المعز موجودا فعلًا بالقاهرة فنثر الذهب للأعراب مما جعلهم ينفضون عن مساعدة الحسن الأعصم، وبعد ذلك أعاد الفاطميون فتح دمشق التى وقعت بعد فترة قصيرة فى يد ألبتكين التركى فاستعادها العزيز سنة ٣٦٨ هـ/ ٩٧٨ م لكنه كان مضطرًا للدفع للقرامطة الذين ساعدوا ألبتكين كى ينسحبوا، وتوالت الجهود الفاطمية حتى تم الاعتراف بسلطانهم من المحيط الأطلنطى حتى البحر الأحمر والحجاز واليمن بل وامتد حتى الموصل لكنهم فشلوا فى التفاهم مع آل بويه فى بغداد مع أنهم شيعة.
وشهد القرن الخامس الهجرى/ الحادى عشر الميلادى اضطرابات فى