لنفوذ السلاجقة واعترفت بسيادة الخلافة العباسية. وتقلصت الدولة الفاطمية آنذاك إلى حدودها الطبيعية فى مصر وعانت تقلصًا سريعًا فى قوتها. وباغتيال الأفضل تدهور الوضع فى البلاد وصارت مصر مطمعًا لجيرانها المسلمين والمسيحيين. وعقد الإمبراطور البيزنطى مانويل مع ملك بيت المقدس المسيحى اتفاقًا يقضى بتعاونهما على احتلال مصر، وهو مشروع لم يتم تحقيقه؛ وفى ثلاث مناسبات تدخل أمارليك، ملك بيت المقدس، فى مصر بجيش صليبى ليمنع اغتصاب أمير حلب نور الدين محمود للبلاد (١١٦٢، ١١٦٤، ١١٦٧ م)؛ ولكن عندما ظهر الملك الصليبى فى مصر للمرة الرابعة، بهدف احتلال البلاد، صارت للسوريين اليد العليا؛ وفى سنة ٥٦٤ هـ/ ١١٦٩ م دخل القائد شيركوه القاهرة على رأس جيش سورى ونصب نفسه وزيرًا للخليفة الفاطمى العاضد. وبعد موت شيركوه، الذى وقع يوم ٢٢ جمادى الآخرة ٥٦٤ هـ/ ٢٣ مارس ١١٦٩ م، خلفه ابن أخيه صلاح الدين يوسف بن أيوب فى الوزارة، وهو الذى خلع الخليفة الفاطمى العاضد، آخر خلفاء الفاطميين، من الخلافة، وكان يبلغ من العمر آنذاك تسع سنوات، وجعل الخطبة باسم الخليفة العباسى المستضئ. وتوقف الأذان بالطريقة الإسماعيلية، وأوقفت مجالس الحكمة، وعادت البلاد إلى المذهب السُنى.
٤ - الفترة الأيوبية ١١٧١ - ١٢٥٠ م:
كانت دمشق، تحت حكم صلاح الدين، العاصمة الأولى لدولة الأيوبيين وهجرت قاهرة الفاطميين، وحين زار السلطان الأيوبى القاهرة، أقام فى القلعة التى بُنيت بعد سنة ٥٧٩ هـ/ ١١٨٣ - ١١٨٤ م. وبعد موت صلاح الدين (٥٨٩ هـ/ ١١٩٣ م)، حكم فرع العائلة الأيوبى مصر. وظلت بقية الممالك الأيوبية المختلفة فى إقليم الجزيرة وسوريا ومصر مرتبطة مع بعضها، بروابط عائلية، وشكلت الإمبراطورية الأيوبية ما يشبه الاتحاد الكونفيدرالى العائلى. ولقد كان نظام الإقطاع العسكرى المطبق فى سوريا منذ حكم السلاجقة هو التجديد