الظاهر بن الناصر بن المستضيء / بن المستنجد بن المقتفي بالله ويلقّب «بالمستنصر بالله» فوصل إلى مصر وافدا على سلطانها الملك الظاهر بيبرس (٢٩٤) في سنة تسع وخمسين وستمائة (٢٩٥)، فأكرمه وأثبت نسبه، وجهّز له جيشا توجّه به إلى بغداد فقتل، ثم توجّه من بغداد إلى مصر من بني العباس أحمد ولقّب «بالحاكم بأمر الله» (٢٩٦) فأكرمه الملك الظّاهر أيضا، بعد إثبات نسبه، وأجرى عليه نفقة وسكن مصر، وليس له من الأمر شيء، وإنما اسمه الخليفة وأولاده من بعده على هذا المنوال ليس لهم إلاّ اسم الخلافة فيأتون به إلى السلطان الذي يريدون توليته يبايعه ويقول: ولّيتك السّلطنة، وهكذا كانوا يلقّبون بألقاب الخلافة واحدا بعد واحد، فكانت سلاطين الأقاليم يتبرّكون بهم ويراسلونهم أحيانا يطلبون منهم تفويض السّلطنة باللّسان، فيكتبون لمن راسلهم تقليدا، ويعهدون إليه بالسلطنة عهدا، ويولونه سلطنة الجهة التي هو فيها، فيتبرّك بهذا التقليد، ولا يخفى أن هؤلاء ليس لهم من الخلافة إلاّ الصّورة كما كان لآخر الخلفاء العباسيين ببغداد، واستمرّ أمرهم هكذا إلى دخول السلطان سليم خان ﵀ إلى مصر فاستصحب معه أبا عبد الله محمد بن يعقوب الملقّب «بالمتوكل على الله» ثم رجع بعد وفاة السلطان سليم من القسطنطينية إلى مصر، وبقيت ذريته بمصر إلى أن تقلّبت الأحوال.
وذكر السيوطي: أن الخلافة استمرّت بمصر إلى سنة ثلاث وعشرين وتسعمائة (٢٩٧) ففي السابع والعشرين من رجب انقطعت (بتنازل) (٢٩٨) المتوكل على الله (عنها لسليم الأول) (٢٩٨).