المحذوف متعلق بـ ﴿أَكُونَ﴾.
﴿فَكَذَّبُوهُ فَنَجَّيْنَاهُ وَمَنْ مَعَهُ فِي الْفُلْكِ وَجَعَلْنَاهُمْ خَلَائِفَ وَأَغْرَقْنَا الَّذِينَ كَذَّبُوا بِآيَاتِنَا فَانْظُرْ كَيْفَ كَانَ عَاقِبَةُ الْمُنْذَرِينَ﴾.
﴿فَكَذَّبُوهُ﴾: الفاء: عاطفة ﴿كذبوه﴾ فعل وفاعل ومفعول، والجملة الفعلية في محل الجر معطوفة على جملة ﴿قَالَ﴾ على كونها مضافًا لـ ﴿إذْ﴾ ﴿فَنَجَّيْنَاهُ﴾ الفاء، عاطفة ﴿نجيناه﴾: فعل وفاعل ومفعول معطوف على ﴿كَذَّبُواْ﴾ ﴿وَمَنْ مَعَهُ﴾ الواو: عاطفة ﴿مَنْ﴾: اسم موصول في محل النصب، معطوف على مفعول ﴿نجيناه﴾ ﴿مَعَهُ﴾: ظرف ومضاف إليه صلة من الموصولة ﴿فِي الْفُلْكِ﴾ جار ومجرور متعلق بـ ﴿نجيناه﴾ ﴿وَجَعَلْنَاهُمْ خَلَائِفَ﴾ فعل وفاعل ومفعولان معطوف على ﴿نجيناه﴾ ﴿وَأَغْرَقْنَا الَّذِينَ﴾: فعل وفاعل ومفعول، والجملة معطوفة أيضًا على جملة ﴿فَنَجَّيْنَاهُ﴾ ﴿كَذَّبوُاْ﴾ فعل وفاعل صلة الموصول ﴿بِآيَاتِنَا﴾ جار ومجرور، ومضاف إليه متعلق به ﴿فَانْظُرْ﴾ الفاء عاطفة ﴿انظر﴾: فعل أمر، وفاعله ضمير يعود على محمَّد، والجملة معطوفة على جملة ﴿أَغْرَقْنَا﴾ ﴿كَيْفَ﴾ اسم استفهام في محل النصب خبر ﴿كَانَ﴾ مقدم عليها، معلق للنظر عن العمل فيما بعده ﴿كَانَ عَاقِبَةُ الْمُنْذَرِينَ﴾: فعل ناقص واسمه، ومضاف إليه، وجملة ﴿كَانَ﴾ في محل النصب سادة مسد مفعول انظر علقت عنها باسم الاستفهام.
﴿ثُمَّ بَعَثْنَا مِنْ بَعْدِهِ رُسُلًا إِلَى قَوْمِهِمْ فَجَاءُوهُمْ بِالْبَيِّنَاتِ فَمَا كَانُوا لِيُؤْمِنُوا بِمَا كَذَّبُوا بِهِ مِنْ قَبْلُ كَذَلِكَ نَطْبَعُ عَلَى قُلُوبِ الْمُعْتَدِينَ﴾.
﴿ثُمَّ﴾: حرف عطف ﴿بَعَثْنَا﴾ فعل وفاعل معطوف على قوله: ﴿فَنَجَّيْنَاهُ وَمَنْ مَعَهُ﴾ ﴿مِنْ بَعْدِهِ﴾: جار ومجرور متعلق بـ ﴿بَعَثْنَا ﴿رُسُلًا﴾ مفعول به ﴿إِلَى قَوْمِهِمْ﴾ جار ومجرور، ومضاف إليه متعلق بـ ﴿بَعَثْنَا﴾ ﴿فَجَاءُوهُمْ﴾: فعل وفاعل ومفعول معطوف على ﴿بَعَثْنَا﴾ ﴿بِالْبَيِّنَاتِ﴾: متعلق بـ ﴿جَاءُ﴾ ﴿فَمَا كَانُوا﴾ الفاء: عاطفة ﴿ما﴾: نافية. ﴿كَانُوا﴾: فعل ناقص واسمه ﴿لِيُؤْمِنُوا﴾ اللام: حرف جر وجحود ﴿يؤمنوا﴾: فعل وفاعل منصوب بأن مضمرة وجوبًا بعد لام الجحود.