إن تخصيص الجامعات الإسلامية في هذا السياق إنما هو من باب مسايرة الواقع الذي فُرِض على الأمة الإسلامية فرضا، بسبب العلمنة التي سيطرت على الحكومات في الشعوب الإسلامية، بعد الجهل الذي خيم على المسلمين والاستعمار الذي كرس جهوده في زيادة جهلهم بدينهم، وبعد التمزق الذي أصاب الأمة الإسلامية في أعقاب سقوط ما كان يربطهم، وهو آخر رمز للخلافة الإسلامية -في دولة بني عثمان- حيث تم الفصل بين الدين والدولة، وتم بناء على ذلك الفصل بين ما سمي بالجامعات المدنية والجامعات الدينية. وأصبح طلاب الجامعات المدنية التي خلت في الغالب من الدارسات الإسلامية هم قادة الشعوب الإسلامية (١) والمدبرين لشؤونها السياسية والإدارية والاقتصادية وغيرها، لأن مناهج جامعاتهم أعدت لتؤهلهم لذلك.
أما طلاب الجامعات الدينية فقد وضعت لهم مناهج قصد منها حصر نشاطهم في المساجد -أئمة وخطباء ومؤذنين- مقيدا بما يأذن لهم من تربع على كراسي الحكم من طلاب الجامعات المدنية، وفي تدريس المواد الدينية حسب المنهج الذي تضعه الزمرة الحاكمة، ولا زال هذا الفصل مستمرا إلى الآن.