وتصاعد الصراع الفعلي مع اليهود بعد غزوة بدر نتيجة تخوف اليهود من ارتفاع شأن المسلمين وخصوصاً أنهم كانوا يظنون أن النصر الذي تحقَّق للمسلمين في بدر جاء اعتباطاً أو في غفلة من الزمن. فبدأ الصراع مع بني قينقاع (أقوى الجماعات اليهودية التي شملتهم المعاهدة مع المسلمين) الذين كانوا يسكنون داخل المدينة (يثرب سابقاً) ، كما كانوا أغنياء جلهم صاغة، ويعتمدون على مساندة الخزرج. كذلك كانوا يعتدون بقوتهم العسكرية. ويُفهَم من كتب السيرة أنهم أظهروا بوادر التحدي ثم التحرش بالمسلمين.
وذهب كعب بن الأشرف إلى مكة بعد بدر يُحرِّض أهلها على الأخذ بثأرهم والانتقام من الرسول ﷺ والمسلمين قبل أن يثبت سلطانهم وتقوى شوكتهم. ولم يكتف بذلك، إذ عندما عاد إلى المدينة استخدم شعره في التشبيب بنساء المسلمين والخوض في أعراضهم، ثم راح يطعن في الرسول ﷺ ويُحرِّض الناس على الخلاص منه. وحدثت مشادة في سوق الصاغة التي كانت ليهود بني قينقاع أدَّت إلى مقتل يهودي ومسلم وأراد الرسول ﷺ تهدئة النفوس في ضوء احترام عقد الموادعة بين الطرفين، ولكن يهود بني قينقاع رفضوا فأمر الرسول ﷺ بحصار دورهم واستمر الحصار خمسة عشر يوماً حتى أعلن اليهود استسلامهم. وقد كان من رأي المسلمين أن يقتلوهم جميعاً، وكان عددهم سبعمائة رجل، لكن الرسول قَبل ساطة عبد الله بن أبيّ وعبادة بن الصامت على أن يجلوا عن المدينة وسُمح لهم بالهجرة فخرجوا إلى أذرعات الشام، وأخذ الرسول ﷺ أموالهم وأبقى لهم ذراريهم ونساءهم.