قال ابن واصل: حكى لي ابن صبيح بالقاهرة أنه ذهب بالرفيع إلى رأس شاهق، فعرف إني أريد أرميه، فقال: بالله عليك عني أصلي ركعتين، فأمهلته حتى صلاهما ثم رميته فهلك.
ولما كثرت الشكاوي عليه أمر الوزير بكشف ما حمله إلى الخزانة، وكان الوزير لا يحمل إلى الخزانة إلا القليل، فقال الرفيع الأمور عندي مضبوطة، فخافه الوزير، وخوف السلطان من أمره ومن عاقبته، فقال: أنت جئت به وأنت تتولى أمره أيضاً، فأهلكه الوزير.
وقال ابن أبي أصيبعة: كان من الأكابر المتميزين في الحكمة والطب وأصول الدين والفقه، وكان فقهيهاً في المدرسة العذراوية، وله مجلس للمشتغلين عليه وحكى من أمره ما حكى وقال: إنه لما دفع تحطم في نزوله كأنه تعلق في بعض المواضع بثيابه، قال: فبقينا نسمع أنينه نحو ثلاثة أيام، وكلما مر يوم يضعف ويخفت حتى تحققنا موته، ورجعنا عنه، قال: ومن أعجب ما يحكى أن القاضي رفيع الدين هذا وقف على نسخة من هذا الكتاب - يعني تاريخ الأطباء - وما كنت ذكرته في تلك النسخة، وطالعه، فلما وقف على أخبار السهروردي تأثر من ذلك فقال: ذكرت هذا وغيره أفضل منه ما ذكرته، وأشار إلى نفسه، ثم قال: وإيش كان من حال شهاب الدين إلا أنه قتل في آخر أمره، وقدر الله أن رفيع الدين قتلى أيضاً.