شيخه الدارقطني (قال الشيخ: اختلف قوم ببغداد من اهل العلم، فقال قوم: عثمان افضل، وقال قوم: علي افضل، فتحاكموا الي فيه، فسألوني عنه، فامسكت وقلت: الامساك عنه خير، ثم لم ارد السكوت وقلت: دعهم يقولون فيما احبوا فدعوت الذي جاءني مستفتيا، وقلت: ارجع إليهم وقل: أبو الحسن يقول: عثمان ﵁ افضل من علي باتفاق جماعة اصحاب رسول الله ﷺ ، هذا قول اهل السنة، وهو اول عقد يحل في الرفض) ، كما ان الدارقطني كان يجرح الكثير بسبب تشيعهم الممقوت كما سيأتي في كتاب الضعفاء.
والتهمة الثانية: انه اشعري، وسبب هذه التهمة ما رواه أبو ذر الهروي تلميذ الدارقطني: قال: ( … كنت ماشيا مع الدارقطني فلقينا القاضي ابا بكر فالتزمه الدارقطني وقبل وجهه وعينيه، فلما افترقا قلت: من هذا؟ قال: هذا امام المسلمين والذاب عن الدين القاضي أبو بكر بن الطيب..) ، وهذه الحادثة تدل على سمو اخلاق الدارقطني وتواضعه، فقد قال له أبو ذر: (..من هذا الذي صنعت به ما لم اعتقد انك تصنعه وانت امام وقتك؟..ذلك ان الدارقطني لم يكن مغرورا بنفسه مزهوا بعلمه، وانما كان متواضعا مجلا لاهل العلم والفضل، قال الذهبي بعد ان الورد حكاية ابي ذر بشان ابي بكر الباقلاني: (قلت: هو الذي كان ببغداد يناظر عن السنة وطريقة الحديث
بالجدل والبرهان وبالحضرة روى المعتزلة والرافضة والقدرية والوان البدع،