وأما عيسى بن عمر وهو في طبقة ابن عمرو بن العلاء فهو عيسى بن عمر الثقفي من أهل البصرة وليس بعيسى بن عمر الهمداني من أهل الكوفة وتروى عنه قرآت. وعيسى بن عمر الثقفي البكر من مقدمي نحويي أهل البصرة وكان أخذه من عبد الله بن أبي إسحاق وغيره. وعن عيسى بن عمر الثقفي أخذ الخليل بن أحمد. ولعيسى كتابان في النحو سمى أحدهما الجامع والآخر المكمل. فقال الخليل بن أحمد:
بطل النحو جميعاً كله ... غير ما أحدث عيسى بن عمر
ذاك الكمال وهذا جامع ... فهما للناس شمس وقمر
وهذان الكتابان ما وقعا إلينا ولا رأيت أحداً يذكر أنه رآهما. وكان عيسى بن عمر فصيحاً ويروى عنه أشياء كثيرة من القرآت واستودعه بعض أصحابه خالد بن عبد الله القسري وديعة فلما نزع خالد بن عبد الله عن إمارة العراق وتقلد مكانه يوسف بن عمر كتب إلى واليه بالبصرة يأمره أن يحمله إليه مقيداً فدعا به ودعا