ما لم يستطع نيوتن بيان المكنية التي تستطيع الجاذبية أن تؤثر بها، خلال فضاء يبدو فارغاً، في أجسام تبعد عنها ملايين الأميال، فإنه لا يمكن قبول الجاذبية على أنها شيء أكثر من مجرد كلمة (٣٥).
ولم تحظ النظرية الجديدة بالقبول السريع حتى في إنجلترا. وزعم فولتير أن المرء كان بالجهد يجد عشرين عالماً يرضون عنها بعد أن نشرت لأول مرة بأربعين عاماً. وبينما شكا النقاد في فرنسا من أن النظرية ليست ميكانيكية بالقدر الكافي إذا قيست بدوامات ديكارت البدائية، كانت الاعتراضات عليها في إنجلترة في أغلبها دينية، فأسف جورج باركلي في كتابه "مبادئ المعرفة الإنسانية" (١٧١٠) لأن نيوتن يرى الفضاء والزمان والحركة مطلقة، سرمدية فيما يبدو، وموجودة مستقلة عن المساندة الإلهية. فالميكانيكية تطغى على النظام النيوتوني طغياناً لا يترك فيه مكاناً لله.
فلما وافق نيوتن بعد ما عهد فيه من تسويفات على أن يعد طبعه ثانية الكتاب، حاول أن يهدئ من ثائرة نقاده. فأكد لليبنتز والفرنسيين أنه لا يفترض قوة تعمل عن بعد خلال الفضاء الفارغ، وأنه يعتقد بوجود ناقل متخلل، رغم أنه لن يحاول وصفه صم اعترف بصراحة أنه لا يفقه طبيعة الجاذبية. وبهذه المناسبة كتب في الطبعة الثانية كلماته التي كثيراً ما ياء فهمها، وهي أنه "لا يضع فرضاً (٣٦) " وأضاف "يجب أن تتسبب الجاذبية من عامل يعمل بثبات وفق قوانين معينة، ولكني أترك لقرائي النظر في هل هذا العامل مادي أو غير مادي (٣٧) ".
ورغبة في المزيد من الرد على الاعتراضات الدينية ألحق بالطبعة الثانية تعقيباً عاماً عن دور الله في نسقه. فقصر تفسيراته الميكانيكية على العالم المادي، ورأى حتى في ذلك العالم أدلة على وجود خطة إلهية، فالآلة الكبرى تتطلب مصدراً أول لحركتها، لا بد أن يكون هو الله، ثم إن في النظام الشمسي شذوذات في المسلك يصححها تعالى دورياً كلما ظهرت (٣٨). ولكي يفسح نيوتن مجالاً لهذه التدخلات الخارقة نزل عن مبدأ عدم فناء الطاقة. وافترض الآن أن آلة العالم تفقد بعض طاقتها بمضي الوقت، وستفقدها كلها إن لم يتدخل الله ليرد لها