بسبب نشاطها الماسوني. وقرر جويا أن يلحق بهم بعد أن ترك وحيداً مع الجنون الذي رسمه على جدرانه. ولكنه لو رحل بغير إذن من الملك لفقد حقه في الراتب الرسمي الذي كان يتقاضاه بوصفه مصور الحجرة، فألتمس إجازة شهوراً للاستشفاء بمياه بلومبيير، فمنح الإجازة. ونقل ملكية بيته لحفيده ماريانو، وفي يونيو ١٨٢٤ يمم شطر بوردو، وليوثاريا، ماريا ديل روزاريو.
وبات حبه لحفيده ماريانو العاطفة المشبوبة المتسلطة عليه كلما دنت منيته. فأوصى بمعاش سنوي للصبي وعرض دفع النفقات إذا أتى خافيير بماريانو إلى بوردو. ولم يستطع خافيير الحضور ولكنه أرسل زوجته وأبته، فلما وصلا عانقهما جويا في انفعال انهار بسببه واضطر إلى ملازمة الفراش. وكتب إلى ابنه يقول: "يا عزيزي خافيير، إنما أردت أن أخبرك بأن هذه الفرحة كلها كانت فوق ما أحتمل … أدعو الله أن يتيح لك أن تأتي وتأخذهما وعندها تفيض كأس سعادتي (١٣٢) ". وفي صباح الغد أحتبس صوته وشل نصف بدنه. وطال احتضاره ثلاثة عشر يوماً وهو ينتظر بصبر نافذ مجيء خافيير دون جدوى. ومات في ١٦ إبريل ١٨٢٨. وفي ١٨٩٩ نقل رفاته من بوربو إلى مدريد ودفن أمام مذبح كنيسة سان أنطونيو دي لافلوريدا، حيث رسم قبل مائة عام تحت القبة آلام الحياة الأسبانية وأحزانها وأفراحها وقصص حبها.