وقد اسثنيت من ذلك أوقاف الحرَمين. وبناءً على المادَّة ٥٧ من اللائحة , انتدبت نظارة المالية حضرة جورج بك طلاماس لمراجعة حسابات الديوان , فوُضعت نماذج الدفاتر والاستمارات للأعمال الحسابية بالاتفاقِ بين المندوب ورجال الديوان. وقد نصَّت اللائحة الصادر بها الأمر العالي المؤرَّخ في ١٣ يوليو سنة ١٨٩٥ على اختصاص الديوان بما يأتي:
١ً - إِدارة الأوقاف التي تؤول إلى الخيرات وليس النظر مشروطاً فيها لأحد
٢ً - إِدارة الأوقاف التي لا يُعلَمُ لها جهة استحقاق
٣ً - إِدارة الأوقاف التي ترى المحاكم الشرعية وجوب إِحالتها إلى الديوان مؤقتاً بضمّ مديرِهِ ناظراَ مع ناظر الوقف
٤ً - إِدارة الأوقاف التي يُقامُ الديوان حارساً قضائياً عليها
٥ً - إِدارة الأوقاف التي يَرغبُ نظَّارها ومستقوها في إِحالتها إلى الديوان من تلقاءِ أنفسهم.
أمَّا الوظيفة الدينية والأدبية التي يُؤدَّيها ديوان الأوقاف فِإِنَّهُ يُقيم الشعائر الدينية في المساجد , ويُنفِّذُ شروطَ الواقفين في وجوهِ البرّ التي عيَّنوها , ويبذلُ المساعدةَ على نشر التعليم بالمدارس والكتاتيب والمعاهد العلمية , ويُديرُ ملاجئ أُنشئت للعجزةِ والبائسين , ومستشفيات وعيادات طبية مفتوحة للفقراءِ مجاناً , ويمدُّ بالمرتبات السنوية عدَّةَ جمعياتٍ خيرية ومدارس صناعية , ويتولَّى بالصدقات الشهرية مؤاساة كثيرين