موقفه من الجهمية:
- جاء في السير: عن بسام الصيرفي، قال: سألت أبا جعفر محمد بن علي عن القرآن فقال: كلام الله غير مخلوق. (١)
- وعن جعفر بن محمد عن أبيه أنه سأله: إن قوما يقولون القرآن مخلوق. فقال: ليس بخالق ولا مخلوق ولكنه كلام الله. (٢)
موقفه من المرجئة:
- قال أبو جعفر محمد بن علي بن الحسين: ما ليل بليل ولا نهار بنهار أشبه من المرجئة باليهود. (٣)
- وعن الفضيل بن يسار قال: سئل أبو جعفر محمد بن علي عن قول النبي ﷺ: "لا يزني الزاني حين يزني وهو مؤمن، ولا يسرق حين يسرق وهو مؤمن" (٤) فقال: هذا الإسلام ودور دائرة عظيمة ثم دور دائرة في جوفها أصغر منها، ثم قال: هذا الإيمان مقصور في الإسلام، فإذا هو زنا أو سرق خرج من الإيمان إلى الإسلام، فإذا تاب رجع إلى الإيمان، ولا يخرجه من الإسلام إلا الكفر بالله. (٥)