اشتبه عليهم يوم وفاته بيوم ولادته التي كانت في ٢٠ جمادى الأولى أيضاً. ونخلص هنا إلى أن وفاته كانت في ٢٢ جمادى الأولى سنة ١٢٦٥هـ الموافق ١٦ إبريل ١٨٤٩م.
وقد صلى عليه خالُه عبد الله بن حسين بن طاهر ودفن بمسقط رأسه قرية (المَسِيلَة) وقبره معروف فيها (١). وعن جنازته يقول ابن عبيد الله: " شهد جنازته جمع من رجالات حضرموت وكان يوماً مشهوداً انصرف المشيعون عن مدفنه واجتمعوا في بيته، فأنشدهم بعض الحداة قصيدة الإمام الحداد التي مطلعها:
تفيض عيوني بالدموع السواكب ... ومالي لا أبكي على خير ذاهب
فلا تسأل عن العبرات وتصاعد الزفرات حتى لقد كادت تُحمل جنائز! " (٢).