الفرع الثالث: الكنيسة الأرثوذكسية المصرية:
- يدعي أصحابها أن مؤسسها مرقص الرسول عام (٤٥ م).
- بوادر الانفصال: ظهرت بوادر الانفصال المذهبي للكنيسة المصرية، منذ أن جعل الإمبراطور ثيودوسيوس كنيسة القسطنطينية هي الكنيسة الرسمية للإمبراطورية الشرقية عام (٣٨١) م، وأن كنيسة الإسكندرية تليها في المرتبة، مما دفع بطريرك الإسكندرية كيرلس عام (٤١٢) م, إلى تولي زعامة الشعب ضد الإمبراطور وعماله في مصر.
- زادت هوَّة الخلاف بين الكنيستين على إثر إعلان نسطور – أسقف القسطنطينية – مقالته التي تصدى لها كيرلس بطريرك الإسكندرية في مجمع أفسس عام (٤٣١) م, الذي استطاع استصدار حكم ضد نسطور باللعن والطرد.