واختارت المؤسسة مجلساً للأمناء يتكون من (خمسة وعشرين عضواً) واختار ذلك المجلس رئيساً له من بين الأعضاء هو السيد (بدوي مصطفى) أحد الوزراء السابقين واختار للسكرتارية الأستاذ (يوسف الخليفة أبو بكر) سكرتير جامعة أم درمان الإسلامية يومئذ. وواصلت المؤسسة أعمالها ومنح وزير التربية سلطاته لمجلس الأمناء باستثناء الاتصالات الخارجية.
إن أول عمل قامت به تلك المؤسسة هو ضم (معهد القران النموذجي) بـ (ألتى) ثم فتحت معاهد مماثلة في كل من المناقل وسنكات ونيالا.
وحرصاً على أهمية الدور الذي يقوم به شيخ الخلوة في تحفيظ القرآن الكريم فإن المسئولين هيأوا له فترات تدريبية تمتد إلى ثلاثة أشهر يتلقى فيها (شيخ الخلوة) قواعد التجويد، ومعرفة القراءات الصحيحة، وشيئاً من علوم التوحيد واللغة العربية، من أساتذة متخصصين من الأزهر، أعارتهم جمهورية مصر العربية للسودان منذ عام ١٩٦٨، تم ذلك في مراكز أقيمت بالخرطوم والخرطوم بحري وأم درمان والدامر وبلغ عدد الذين تلقوا تدريبهم نحو ٣٦٠ شيخاً، عادوا بعدها يطبقون ما تحصلوا عليه بخلاويهم..
وجدير بالذكر أنه توجد خلاوي للقرآن (خاصة بالنساء) في الإقليم الشرقي للبلاد يقوم بالتعليم فيها معلمات مدربات على تدريس القران الكريم، كما توجد في ذلك الإقليم خلاوي تسمى بأسماء منشئاتها وهن يشرفن على إدارتها.