عندما لم تسمح لخادم الحرمين الشريفين ظروفه العملية بحكم منصبه القيادي ولياً للعهد أو ملكاً للبلاد، فقد عمد حفظه الله إلى تكليف من ينوب عنه لرئاسة جلسات المجلس الأعلى للجامعة. كان ذلك حرصاً منه على مصلحة المسلمين وعدم تأخير الأعمال المهمة في سير الجامعة الإسلامية.
وكان عدد من أنابهم عنه ثلاثة كما يتضح من التفصيل التالي عن كل نائب وعن الدورات التي ترأسها.
١- صاحب السمو الملكي الأمير عبد المحسن بن عبد العزيز أمير منطقة المدينة المنورة ﵀ وكانت على النحو التالي:
الدورة الخامسة:
ونظراً للأعمال الكبيرة المناطة بخادم الحرمين الشريفين فقد كان ينيب بعض كبار المسؤولين في المملكة لرعاية بعض دورات هذا المجلس.
وقد أناب صاحب السمو الملكي الأمير عبد المحسن بن عبد العزيز أمير منطقة المدينة المنورة ﵀ في افتتاح الدورة الخامسة والتي عقدت خلال الفترة من ٢٣ - ٢٦/١/١٣٩٨هـ.
الدورة التاسعة:
وفي هذه الدورة أناب صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن عبد العزيز ولي. العهد والرئيس الأعلى للجامعة الإسلامية صاحب السمو الملكي الأمير عبد المحسن ابن عبد العزيز أمير منطقة المدينة المنورة ﵀ بافتتاح تلك الدورة خلال الفترة من ١٤ - ١٥/٤/١٤٠٠هـ.
الدورة الثانية عشرة:
وعقدت الدورة الثانية عشرة للمجلس الأعلى للجامعة يوم الثلاثاء الموافق ١٠/١١/١٤٠١هـ، وقد أناب صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن عبد العزيز ولي العهد ونائب رئيس مجلس الوزراء، والرئيس الأعلى للجامعة لافتتاح تلك الدورة صاحب السمو الملكي الأمير عبد المحسن بن عبد العزيز أمير منطقة المدينة المنورة.
الدورة الثالثة عشرة: