وجميع هذه المدارس انقرضت إماّ بالضم أو التحويل أو بوفاة صاحبها أو انتقال الملك من أمة إلى أمة أخرى لأن هذه الفترة من بداية العهد المملوكي إلى نهاية حكم الأشراف بالمدينة المنورة وبعض ما بقي منها الآن تحول إلى مدارس لتحفيظ القرآن الكريم بنفس المسمى تحت إشراف الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم بالمدينة المنورة، أو رباط لسكنى المساكين.
يتعذر تعيين تاريخ محدد للمدارس الوقفية بالمدينة النبوية، غير أن أول من ذكرها في قاصر علم الباحث – هو المؤرخ محمد بن أحمد المطري توفي عام ٧٤١هـ، حي أورد اسم المدرسة اليازكوجية والشهابية (١) ، كما ذكر زين الدين أبي بكر المراغي ٧٢٨ –٨١٦هنفس المدرستين في تاريخه (٢) .
أضاف عبد الله بن محمد فرحون المالكي في كتابه عن تاريخ المدينة المنورة ٦٩٣ –٧٦٩هـ المدارس التي كانت في أثناء إقامته بالمدينة المنورة وهي:
المدرسة الشهابية، المدرسة الأزكجية، المدرسة الشيرازية، المدرسة الأركوجية (٣) .
كما أضاف السيد السمهودي ٨٤٤ – ٩١١هـ في تاريخ عن المدينة المنورة المدارس التالية: المدرسة الجوبانية، الكبرجية، الباسطية، الزمنية، الأشرفية، والمزهرية (٤) . فزاد السخاوي في التحفة اللطيفة على ما ذكره السمهودي المدرسة السنجارية والشهابية.