وأما أهدافها: فهي أنها تسعى إلى تخريج علماء يترسمون خطى السلف الصالح، فينهلون من العلوم الشرعية الصحيحة القائمة على عقيدة التوحيد والتي تدور في فلكها، بعيدة عن الزيف الذي لبس على المسلمين الحق بالباطل، ثم تعيد هؤلاء الخريجين- بعد أن وفقهم الله للفقه في دينه - إلى بلادهم ليتداركوا المسلمين الذين ذهبت بكثير منهم البدع كل مذهب، وطوَّحت بهم الخرافات في كل مشرب، وأصبح كثير منهم إمَّعات كريش تلعب به هبَّات الرياح؛ تعيدهم إلى بلادهم ليكونوا لها رسل خير، ودعاة صدق، وألسنة حق، فيصححوا ما انحرف من عقائد المسلمين، وليصدوا تلك الموجات العارمة من الزيغ، وليوقفوا - بالحجة والبيان - تلك التيارات الجارفة من الإلحاد التي ترسل معها الشياطين على الغافلين تؤزهم أزا، في محاولات عنيدة لإذابة كيان المسلمين - وبخاصة الشباب منهم - ومحو واقعه -
إن من أهداف الجامعة تكوين خريجين قادرين على التصدي لأعداء الله الظاهرين لنا والمغيبين عنا بالعلم والإيمان، تحقيقا لقول الله تعالى: ﴿فَلَوْلا نَفَرَ مِنْ كُلِّ فِرْقَةٍ مِنْهُمْ طَائِفَةٌ لِيَتَفَقَّهُوا فِي الدِّينِ وَلِيُنْذِرُوا قَوْمَهُمْ إِذَا رَجَعُوا إِلَيْهِمْ لَعَلَّهُمْ يَحْذَرُون﴾ .. (التوبة آية ١٢٢) .
ولقوله جل شأنه: ﴿وَأَعِدُّوا لَهُمْ مَا اسْتَطَعْتُمْ مِنْ قُوَّةٍ وَمِنْ رِبَاطِ الْخَيْلِ تُرْهِبُونَ بِهِ عَدُوَّ اللَّهِ وَعَدُوَّكُمْ وَآخَرِينَ مِنْ دُونِهِمْ لا تَعْلَمُونَهُمُ اللَّهُ يَعْلَمُهُمْ﴾ .. (الأنفال آية ٦٠) .