القضاء على الإمارات المسلمة، وظلت هناك إمارات باقية لم تتمكن أسبانيا من هزيمتها، وتحديدًا في جزيرة مينداناو، وجزر سولو ثم احتلت الولايات المتحدة جزر الفلبين سنة ١٣١٧ هـ/١٨٩٩ م، فقامت المقاومة ضدها واستمرت حتى سنة ١٣٣٩ هـ/١٩٢٠ م استسلم المسلمون بعد ذلك، فقد أصابهم الوهن، وانتشرت بينهم الأمراض وعم الفقر والجهل والتخلف، بينما الدعم الصليبي يقدم بكل أشكاله للنصارى، فتراجع الإسلام في البلاد. وأعلنت الولايات المتحدة استقلال الفلبين سنة ١٣٦٦ هـ/١٩٤٦ م.
وينحصر الإسلام حاليًا في ١٣ ولاية في جنوب الفلبين، ما زالت تطالب بالحكم الذاتي بكل قوة.