وقد تخرب مسجد القبلتين بمرور الزمان وتقلبات الأيام وفى عام (٨٩٣ هـ) جدد شاهين الشجاعى سقفه فقط وأقام حوله جدارا صغيرا فحافظ على ساحته الرملية. إن سطح ذلك المسجد المقدس يرتفع عن سطح الأرض مقدار ذراعين وقد سمع رواية أن بابه خال من المصاريع وجدران أطرافه أشرفت على الخراب بعد تشققها. وقد رئى ذلك ذاتيا فى سنة ٨٩٢ هـ،وبما أن جميع آثار الحرمين تعمر وترمم تحت عناية السلطان وظله فلا شك أن هذا المسجد أيضا سيعمر على الوجه اللائق.
٩ - التاسع مسجد السقيا:
إن معبد السقيا اللطيف يقع فى جهة مكة وفى الجهة الغربية عن طريق المدرج قليلا حيث فرق ﷺ مجاهدى ملحمة بدر الكبرى ودعا لأوزان طيبة وأكيالها بالخير والبركة.
كان هذا المسجد قد خرب تماما واندرس أساسه ولم يعرف مكانه، فليرض الله عن الإمام السمهودى الذى بذل جهودا مدة طويلة حتى وجد أطلاله ومكان محرابه وأظهر ساحته وكشفها، وإن كان أساس جدرانه قد ظل تحت التراب مقدار نصف ذراع إلا أن الإمام المذكور قد رفع عنه التراب وبنى جدران أطرافه الأربعة وأعاد بناءه بقدر كاف وأعاده إلى هيئته الأولى. والآن طول كل ضلع من أضلاعه الأربعة سبعة أذرع، ولكن الأبنية التى جددها الإمام السمهودى لم تصمد طويلا فتخربت، وفى العصر العثمانى جدده قاسم أغا من قواد جيش العثمانيين وهو أحد أصحاب الخير، كما ظهر وعمق بئر السقيا الذى بجواره، ويعرف الآن بئر السقيا بسبيل قاسم أغا.
١٠ - العاشر مسجد الذبابة:
ويسمى أهل المدينة مسجد الإجابة بمسجد راية أيضا. ويقع هذا المسجد على يسار القادمين من الشام إلى المدينة المنورة وهو على جبل صغير وفى مكان قريب