وحكم مكة المكرمة ومواقع أخرى من أرض تهامة ما يقرب من عشرين عاما.
وبالقرب من أواسط مدة إمارة الشريف أبى جعفر كان ملوك العصر يعينون من قبلهم أميرا خاصا بهم فى مكة المكرمة، وقد زاد الشريف أبو جعفر من قوته وشوكته، واستقل وبعد هذا الاستقلال انتقلت حكومة مكة المكرمة بالفعل للشرفاء الكرام.
وهناك روايات متعارضة فى بيان سبب استقلال أبى جعفر وتاريخه إلا أنه بناء على أقوى الروايات فإن أبا جعفر استقل عند ما كانت مصر تحت إدارة الإخشيديين، وكان كافور الإخشيدى لم يمت بعد، كما أن الملوك الفاطميين لم يكونوا قد تولوا بعد على مصر ويدعى البعض أن وفاة كافور كانت سنة ٣٥٦ هـ وكان استقلال أبى جعفر سنة ٣٥٨.
وكان سبب استقلال المشار إليه الفتنة التى حدثت بين بنى حسن وبنى حسين (رضى الله عنهما)،وعند حدوث هذه الفتنة عاد أبو جعفر من المدينة المنورة إلى مكة المعظمة، وأعلن الاستقلال، وعند ما انتقلت حكومة مصر إلى الفاطميين أبقى المعز لدين الله العبيدى على إمارة أبى جعفر وصدق استقلاله.
وتولى الإمارة بعد وفاة الشريف أبى جعفر أبو محمد جعفر بن محمد بن حسين بن محمد الأكبر، وبعده الشريف عيسى بن أبى جعفر محمد، وبعده الشريف أبو الفتوح حسين بن محمد الثائر، وبعد وفاته الشريف تاج المعالى بن أبى حسين بن محمد الثائر.
أرسل حاكم مصر العزيز بالله العبيدى عند ما كان ابن أبى جعفر الشريف عيسى أميرا علويا إلى مكة من قبله. وقد ضغط هذا الشخص على أهالى الحرمين ضغطا شديدا، وأجبر الأئمة على ذكر اسم العزيز بالله فى الخطب.
وبعد وفاة العزيز بالله بعث ابنه الحاكم بأمر الله خطبة عجيبة إلى الشريف أبى الفتوح السالف ذكره، وأمره بأن تقرأ هذه الخطبة على منبر المسجد الحرام، ولما كان فى الخطبة المذكورة بعض الألفاظ الجارحة للأصحاب الكرام وبعض زوجات