وتتمثل أضرار تلوث مياه الأنهار في:
١- الناحية الصحية: تفشي الأمراض التي يمكن أن تنقل عن طريق الجراثيم والطفليات مثل الكوليرا والتيفود والإسهال المزمن وغيرها، حيث يعتمد كثير من البدان على مياه الأنهار في الشرب.
٢- الناحية الزراعية: تزيد نسبة الملوحة، في الأراضي التي تستخدم هذه المياه الملوثة، كما أن استخدام المياه الملوثة بمخالفات بشرية في ري الأراضي الزراعية، يؤدي إلى انتشار الأمراض خاصة عن طريق الخضراوات التي تؤكل نيئة.
٣- الثروة السمكية: تؤثر المياه الملوثة في الثروة السمكية بالأنهار، وتؤدي مع ازدياد نسبة التلوث إلى القضاء على الأسماك.
٤- زيادة المصروفات: يؤدي تلوث مياه الأنهار إلى ارتفاع تكاليف استخدام المياه الملوثة في مجالات تأمين مياه الشرب أو تأمين المياه النقية اللازمة للصناعة.