وبعد عودة الشيخ محمد استمر في طلب العلم على يد والده، وقام بالدعوة إلى التوحيد، والنهي عن الشرك، والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وكانت له بعض الدروس العلمية، لكنه تعرض للمضايقات والأذى على يد السفهاء في حريملاء، مما جعل والده يخاف عليه ويطلب منه الكف عن ذلك، فاتجه الشيخ إلى مجال آخر هو البحث والتأليف، فكتب كتابه القيم المتميز: كتاب التوحيد الذي هو حق الله على العبيد، وبقي الشيخ على تلك الحالة حتى وفاة والده
عام ١١٥٣هـ١.
بعد ذلك قام الشيخ بإعلان الدعوة إلى التوحيد وتصحيح العقائد والالتزام بعقيدة السلف الصالح مرة أخرى، فتعرض له السفهاء بالأذى حتى حالوا قتله، فقرر العودة إلى مسقط رأسه العيينة في حوالي سنة ١١٥٤هـ، بطلب من أميرها عثمان ابن معمر الذي وعد الشيخ بالنصرة والتأييد، ثم لما خذله ابن معمر نتيجة استجابته لضغوط حاكم الأحساء سليمان آل محمد بن عريعر، انتقل الشيخ من العيينة إلى الدرعية عام١١٥٧هـ نتيجة للنصرة المباركة من الإمام محمد بن سعود، ومن ثم إبرام الاتفاقية الشهيرة بنيهما.