رجاحة عقله وحكمته، وعندما توفي عام ١٣٣٩ هـ أسند الملك عبد العزيز أعماله إلى الشيخ محمد بن إبراهيم: من إمامة مسجده في حي دخنة، والخطابة وصلاة الجمعة في الجامع الكبير، جامع الإمام تركي بن عبد الله، والتدريس في مكانه، الذي استمر فيه إلى قبيل وفاته، حيث تفرغ للأعمال الكبيرة المناطة به.
وفي عام ١٣٧٤ هـ أنشئت دار الإفتاء والإشراف على الشئون الدينية، ورئاسة المعاهد، فأسندت رئاسة هذه الأمور إليه، ويرى الشيخ إسماعيل بن عتيق أن الافتتاح عام ١٣٧٣ هـ حيث كان يدعى الشيخ محمد بالمفتي، وقد كتب على أوراق مراسلته المفتي الأكبر، فنهى ﵀ عن ذلك، ورفض تلقيبه بهذا اللقب، حيث كان ملفتا للنظر، وأمر بإلغاء اللقب والإبقاء على كلمة المفتي (١).
وفي عام ١٣٧٦ هـ توفي الشيخ عبد الله بن حسن آل الشيخ ﵀ رئيس القضاة بالحجاز، والمنطقة الغربية، فضمت إلى سماحة الشيخ محمد بن إبراهيم ﵀ فكان رئيس القضاة في المملكة العربية السعودية (٢).
ولحبه للعلم، واهتمامه بالعلماء، حيث أدرك بحصافة رأيه، وبعد نظره حاجة البلاد والعباد إلى العلم، فقد قدم اقتراحا للملك عبد العزيز - رحمهما الله - يتضمن فكرة إنشاء معهد علمي