وفي عام ١٣٨١ - صدر أمر بافتتاح الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة، والشيخ محمد بن إبراهيم هو رئيسها، وقد اختار نائبا له هو سماحة الشيخ عبد العزيز بن عبد الله بن باز. وهذه الجامعة كانت الفكرة من إنشائها تعليم أبناء المسلمين في أنحاء العالم، ولم يخصص للسعوديين إلا نسبة قليلة، فآتت بحمد الله ثمارها اليانعة، بحماسة وصدق، لإخلاص النية من الافتتاح ولحرص الشيخ محمد ونائبه الشيخ عبد العزيز بن باز.
وكان الشيخ محمد رائدا للتعليم في المملكة منذ إنشائها، فمسجده جامعة تستقطب أعدادا كبيرة من أنحاء المملكة وخارجها، والمعاهد والكليات، التي هي جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية الآن، كان يرأسها ويشرف عليها، دراسة ومناهج، علاوة على رئاسته للإفتاء والقضاة بالمملكة، والجامعة الإسلامية بالمدينة، ودور الأيتام، مع الإشراف الديني والدعوي بالمملكة، وعلى تعليم البنات، ثم المعهد العالي للقضاء بعد افتتاحه، والإشراف على المكتبة السعودية بحي دخنة، بجوار مسجد الشيخ عبد الله، التي هي أول مكتبة عامة بالرياض.
ثم لما أنشئت رابطة العالم الإسلامي، كان الشيخ محمد هو أول رئيس للمجلس التأسيسي الأعلى للرابطة، كما كان مشرفا على ترشيح الأئمة والمؤذنين، والوعاظ والمرشدين بالمملكة العربية السعودية.