كما عثر في الموقع نفسه على بقايا مستوطنات يرجع تاريخها إلى عهد (نبتة ومروي (٧٥٠ق. م - ٣٥٠م) وكذلك العهد النصراني (٥٤٠م - ١٥٠٤م.
كما عثر على أدوات يرجع تاريخها إلى العصر الحجري في كل من خور أبي عنجة في مدينة أم درمان، وكذلك في قرية الشهيناب على بعد ٥٠كم شمالي المدينة نفسها.
أما التاريخ الحديث للخرطوم؛ فيبدأ بتأسيس أول نواة للاستيطان في جزيرة توتي في منتصف القرن الثاني الميلادي، ومنها انتشر العمران في مواقع الخرطوم والخرطوم بحري وأم درمان. وعندما حكم الأتراك السودان؛ قاموا باختيار الخرطوم عاصمة لهم عام ١٨٢١م. أما أم درمان، فقد اختارها الإمام المهدي عاصمة له عام ١٨٨٥م. ويبدأ التاريخ المعاصر للعاصمة السودانية بفترة الحكم الثنائي ١٨٩٨ - ١٩٥٦م عندما بدأ لورد هربرت كتشنر بتنفيذ مخططه لبناء مدينة الخرطوم على طراز المدن الغربية.
المصدر: موقع الموسوعة العربية العالمية