وفي الوقت نفسه بدأ الحميريون الوثنيون يواجهون القوات النصرانية خصوصا في أوائل القرن الرابع الميلادي، إذ ظهر الروم بسفنهم، والأكسوميون حلفاؤهم. وكانت النصرانية قد دخلت إلى أكسوم في نحو عام ٣٢٠م حين اعتنق ملك أكسوم عيزانة ذلك الدين، ويبدو مما كتبه على مسلة له، أنه استطاع أن يتغلب على الحميريين، لأنه وصف نفسه بأنه ملك الأكسوميين والحميريين وريدان وسبأ وسليهن وسيامو والبجة والخاسا. بيد أنه لم تطل فترة حكم الأحباش على الأراضي اليمنية، لأنه وجدت في مخطوطات حمير سلسلة من أسماء ملوكهم بعد سنة ٣٧٨ حتى عام ٥٢٤م، حيث إنه في ذلك التاريخ احتل الأكسوميون جنوبي جزيرة العرب مرة أخرى، وبسطوا نفوذهم عليها، وضاع ملك الحميريين. ويرجع السبب في هذا الهجوم إلى أن الحميريين كانوا يجدون خطرا كبيرا في انتشار النصرانية في اليمن، فقد كان نصارى نجران يجدون دعما من القسطنطينية في شكل منصرين، وتعضيدا ماديا من جانب السلطات الأكسومية النصرانية، وإزاء هذا الموقف قام الملك الحميري ذونواس بجمع النصارى النجرانيين في أحد الأخاديد، وأشعل فيهم النيران من كل جانب، وأحرقهم حتى قضى على الكثيرين منهم في نحو عام ٥٢٣م. وقد جاء ذكر هذه الحادثة في القرآن الكريم في سورة البروج.
كانت جماعة من الحميريين تدين بالوثنية، وتدين جماعة باليهودية، واستشعرت كلتا الجماعتين خطورة على وجود دولتهما، بسبب التحالف النصراني بين أكسوم والروم. ونظرا لذلك التعذيب الذي لحق بنصارى نجران، خرج الأحباش من بلادهم، وغزوا الحميريين في اليمن واستولوا على البلاد وبقوا فيها.