كتب حسب تعبير المحدِّثين، ثم تقسيم كل كتاب أو موضوع إلى أبواب وفصول، يحتوي على جملة من العناوين، التي تشتمل على الأحاديث المقصودة.
ويمكن إجمال الأقسام الأساسية الكبرى لهذه الموسوعة على النحو التالي:
١ - السيرة النبوية. ٢ - التعريف بالإسلام.
٣ - الإيمان والعلم. ٤ - العبادات.
٥ - نظام الأسرة. ٦ - المعاملات المالية والأحكام.
٧ - الجرائم والعقوبات. ٨ - الحلال والحرام في الإسلام.
٩ - الآداب والأخلاق. ١٠ - الجهاد والغنائم.
١١ - متفرقات.
٥ – ((المستشارون)) : ومهمتُهم مراقبة الأعمال العلمية في سيرها، والتدقيق في الأعمال النهائية، وتجربة صلاحية برامج الحاسب الآلي في تحقيق أهداف الموسوعة بشكل دائم، وتطويرها عند الأحوال الاستثنائية من القواعد العامة للموسوعة.
وهناك لجان أخرى مهمة تقتضيها طبيعة المادة العلمية في العمل الموسوعي، مثل ((لجنة الإخراج العلمي)) ، ومهمتها تقويم نصوص التعليقات من الناحيتين: الحديثية واللغوية، مع توحيد المنهج العام لها في الإخراج العلمي.
و ((لجنة الإخراج الفني والطباعي)) ، ومهمتها مراعاة قواعد الطباعة والإخراج الفني.