بعدها عن الحكم عام ١٢٦٣ هـ - ١٨٤٧ م، لابن أخيه الشيخ محمد بن حسن بن أحمد وكان هذا كريمًا شجاعًا وسياسيًا محنكًا، وكان له الكثير من الأصدقاء، منهم: الشيخ مذكور النصوري الخالدي حاكم منطقة بني خالد، والشيخ حمد بن إسماعيل حاكم منطقة عبيدل. وفي عام ١٢٩٧ هـ، أبعد الشيخ محمد من قبل الحكومة المركزية إلى جزيرة قيس، ولكنه عاد إلى جارك في نفس العام ليتولى حكمها حتى وفاته عانم ١٣٠١ هـ - ١٨٨٤ م، ليتولى الحكم ابن عمه الشيخ صالح ابن محمد وهو صالح بن محمد ابن الشيخ صالح بن حسن بن عبد اللَّه، وكان حاكمًا تقيًا مشهورًا بالفطنة والحنكة السياسية، فقد آخى بين القبائل المتناحرة، وأنهى الكثير من الخلافات التي وقعت بينها، كما قام بمصاهرة الكثير منهم، ليستمر حكمه حتى وفاته في قرية جارك عام ١٣٤٠ هـ - ١٩٢٢ م.
بعد وفاته، قام ابنه الشيخ محمد بن الشيخ صالح آل علي حكم قبيلة آل علي، ومقر حكمه مدينة جارك الساحلية، وكان ينوب عنه الشيخ عبد اللَّه بن صالح والشيخ محمد بن صالح في إدارة قرى المنطقة، وفي عام ١٣٩٥ هـ - ١٩٧٥ م، تنازل الشيخ محمد بن صالح لابنه عن الشيخ حسن عن الحكم وانتقل إلى (أبو ظبي) في دولة الإمارات العربية المتحدة، وبعدها بعام واحد، تبعه ابنه الشيخ حسن ليسكن إمارة الشارقة ليجتمع فيها أغلب شمل آل علي (¬١).
وهذه سلالة حكام آل علي بن خلفان:
طريف: هو طريف بن علي بن خلفان.
أحمد: هو أحمد بن علي بن خلفان، ومن ذريته: محمد بن هارون بن بركات بن حسن بن عبد اللَّه بن أحمد بن علي بن طريف، ومن ولد محمد بن هارون: علي، فريد، هارون، حسن، عبد الرحمن، فيصل.