ومن منهجه مناقشة المسائل النحوية بعد إيرادها والأقوال فيها، وكثيرًا ما يورد الأعاريب في مواضع من الآيات ويستشهد لما يذهب إليه بالشعر الجاهلي والإسلامي، ولتفسير الطبري مزايا، وعليه مآخذ.
فمن مزاياه:
١ - الالتزام بأحسن طرق التفسير من تفسير القرآن بالقرآن، وبالسنة وبأقوال الصحابة والتابعين، وتابعيهم.
٢ - جمع أقوال أعلام المفسرين من السلف والاحتفاظ بخلاصة تفاسير مأثورة سابقة، فقدت، وضاعت أصولها.
٣ - ذكر أسانيد الروايات المأثورة ولو تعددت طرقها، وهذا ضروري للحكم على هذه الأحاديث، ولو لم يذكر الأسانيد ما أمكن ذلك.
٤ - جمعه بين الأثر والنظر، والمنقول والمعقول.
٥ - ذكر أقوال المخالفين وأدلتهم، وهذا من الإنصاف والموضوعية.
٦ - ترجيح الراجح من الأقوال في تفسير الآية، وذكر أسباب الترجيح، وعدم ترك القارئ حيران في متاهات الاختلاف.
٧ - تقرير قواعد وأسس التفسير المنهجية، سواءً في بداية تفسيره أم في أثنائه.
أما المآخذ عليه فمنها:
١ - عدم نقد الروايات والطرق والأسانيد التي يوردها، وعدم الحكم عليها.
٢ - الخوض في (مبهمات القرآن) ومحاولة تفسيرها من الإسرائيليات التي لم تصح.
٣ - عدم إسناد القراءات إلى أصحابها من القراء المشهورين وعدم التمييز بين الصحيح والشاذ.
٤ - وجود الجمل الكثيرة المعترضة في الصياغة مما يكلف القارئ (في) إعادة الضمائر في الجمل، وربط الجمل بعضها ببعض.