وفي البابين الثالث والرابع اتبعت المنهج الوصفي والتحليلي في النظر في الوقائع والآراء للتوصل إلى دقائق العلم في موضوع الأطروحة، كما اتبعت المنهج الاستنتاجي - عند الكلام على كيفية تحقيق الوحدة - في البناء على كل ما سبق للتوصل إلى الآراء الخاصة التي إن أصابتْ فبتوفيق من الله وإن أخطأَتْ فمن نفسي المقصرة.
سالكاً في كل ذلك - جهد استطاعتي - سبيل النزاهة والموضوعية دون حيف أو ميل لرأي أو دليل.
وقد تضمن منهج البحث الأمور التالية:
١ - عزو الآيات إلى مواضعها من القرآن الكريم، وتصنيف أوائلها على الترتيب الألفبائي في فهرس ملحق بآخر الأطروحة.
٢ - تخريج الأحاديث تخريجاً مفصلاً وبيان درجتها في الأغلب، وتصنيف أطرافها على الترتيب الألفبائي في فهرس ملحق بآخر الأطروحة.
٣ - الرجوع إلى الكتب والمصادر الفقهية والعقدية والتاريخية المعتمدة في كل مذهب، وقد أعزو - إضافة إلى كتبهم - إلى غير كتب أهل هذا المذهب للتأكيد على مذهبهم، ثم تصنيف المصادر على الترتيب الألفبائي تبعاً لاسم المؤلف، في فهرس ملحق بآخر الأطروحة.
٤ - وزن أغلب الأبيات الشعرية، وتصنيفها على الترتيب الألفبائي في فهرس ملحق بآخر الأطروحة.
٥ - وضع فهرس للأعلام للدلالة على أماكن ورودها في الأطروحة، وتصنيفها على الترتيب الألفبائي، وإذا تكرر اسم العَلَم في الصفحة الواحدة أضع حرف (م) أي مكرر، بعد رقم الصفحة.
٦ - ترجمة أغلب الأعلام الواردة في الأطروحة، وخاصة من كان له رأي بموضوع الأطروحة، وتصنيف هذه الأعلام على الترتيب الألفبائي في فهرس ملحق بآخر الأطروحة.
٧ - ترجمة الفرق والمذاهب الواردة في الأطروحة، وتصنيفها على الترتيب الألفبائي في فهرس ملحق بآخر الأطروحة. وقد جعلت فهرسي التراجم والفرق في آخر الرسالة تخفيفاً عن الحواشي.