ثم قدم على رسول الله ﷺ في سنة سبع من الهجرة بعد فتح خيبر فاعتنقه رسول الله ﷺ وقال: «لست أدري أي الأمرين أسرّ إلي أفتح خيبر أم قدوم جعفر».
وقدم معه المدينة، ثم وجهه في جيش إلى مؤتة من بلاد الشام فاستشهد وقطعت يداه في الحرب، فقال رسول الله ﷺ: «لقد أبدله الله بهما جناحين يطير بهما في الجنة». فسمي ذا الجناحين، وسمي الطيار في الجنة.
ودخل رسول الله ﷺ حين أتاه نعي جعفر - على أسماء بنت عميس فعزاها به، ودخلت فاطمة ﵍ تبكي وهي تقول: وا عماه فقال رسول الله ﷺ: «على مثل جعفر فلتبك البواكي». ثم إنصرف إلى أهله وقال: «إتخذوا لآل جعفر طعاما فقد شغلوا عن أنفسهم». وضم عبد الله بن جعفر إليه ومسح رأسه وعيناه تدمعان وقال: «أللهم أخلف جعفرا في ذريته بأحسن ما خلفت به أحدا من عبادك الصالحين».
واستشهد جعفر؛ وهو ابن نحو من أربعين سنة، وذلك في سنة ثمان من الهجرة.
وقال رسول الله ﷺ: «أشبهني جعفر في خلقي وخلقي».
حدثني محمد بن إسماعيل الواسطي الضرير، حدثنا علي بن عاصم عن خالد الحذاء، عن عكرمة، عن أبي هريرة قال:
ما احتذى النعال ولا ركب المطايا رجل بعد رسول الله ﷺ أفضل من جعفر.
وقال أبو طالب وجعفر بالحبشة: