ولم يكن اضطراب الترتيب هو النقص الوحيد فيما وصلنا من هذا المعجم بل ظهرت فيه نقائص أخرى منها:
(١) إدخال شعراء في التراجم لم تعرف لهم تصانيف (وهذا قد ذكرته عند الحديث عن معجم الشعراء) .
(٢) ضياع أسماء كثيرة ممن ترجم لهم ياقوت.
(٣) تعرّض بعض التراجم للحذف والاختصار.
(٤) ذكر أنه أفرد في آخر كل حرف فصلا يذكر فيه من اشتهر بلقبه أو نسبه أو كنيته، (دون أن يترجم له) ليطلب في موضعه «١» ، ولكن هذا غير موجود في ما وصلنا من الكتاب.
(٥) ضياع فصل بدأ به الكتاب، يتضمن أخبار قوم من متخلفي النحويين والمتقعرين المجهولين.
٤- تاريخ تأليف معجم الأدباء:
هذا اللون من الكتب لا يمكن تقييده بتاريخ محدّد، ولكن يبدو أن نية ياقوت اتجهت للتأليف فيه وهو ما يزال في العشرين من عمره، وليس لقاؤه لشميم الحلي (٥٩٤) إلا مؤشرا على شغفه بلقاء الأدباء وتدوين أقوالهم وأشعارهم وأخبارهم، وقد استمر يضيف إلى التراجم التي يجمعها من المصادر أو من المقابلة أو السماع حتى آخر حياته، ونراه يكتب إحدى التراجم سنة ٦١٩ «٢» ، كما أن عثوره على بعض المصادر يحدّد بعض التراجم التي نقلها، من ذلك أنه لم يحصل على وشاح الدمية للبيهقي إلا عند ما ذهب إلى خوارزم سنة ٦١٦، وإذا سجلنا تواريخ لقاءاته للأدباء (ياقوت بن عبد الله بالموصل سنة ٦١٣، الخاوراني لقيه بسرين ٦١٧، اللورقي بحلب ٦١٨، ابن العديم بحلب ٦١٩ ... إلخ) وهذا يعني أن أخبارهم ومؤلفاتهم لم تكن معروفة لديه قبل اللقاء.